- Neolitička zbirka
- Eneolitička zbirka
- Zbirka brončanog i starijeg željeznog doba
- Zbirka mlađeg željeznog doba (keltsko-latenska kultura)
- Zbirka nalaza s arheoloških iskopavanja u Sarvašu
- Zbirka predmeta s nalazišta Osijek-Retfala
- Zbirka predmeta s nalazišta Aljmaš-Podunavlje
- Zbirka kamenih predmeta
- Zbirka keramičkih predmeta
- Zbirka metalnih predmeta
- Zbirka staklenih predmeta
- Zbirka zlatnog nakita i gema
- Zbirka koštanih predmeta
- Zbirka fresaka i mozaika
- Zbirka grčkih vaza
- Egipatska zbirka
- Zbirka nalaza Osijek-Vojarna-Studentski dom
- Zbirka nalaza Osijek-Vojarna-Poljoprivredni fakultet
- Zbirka nalaza Zmajevac-Mocsolas
- Seoba naroda i rani srednji vijek (5-9. st.)
- Razvijeni srednji vijek (10-12 st.)
- Kasni srednji vijek (13-16 st.)
- Tursko razdoblje (16-17 st.)
- Zbirka srednjovjekovnih kamenih spomenika
- Oružje i vojna oprema
Zbirka fresaka i mozaika
Zbirka fresaka i mozaika sastoji se od velikog broja fresaka koje potječu s lokaliteta Savićeva kuća i Vijenac Murse.
